XPort評価キット基板（XPortがハンダ実装されている旧基板）のDIPスイッチ等の説明です。

(1)SW1の設定について

・汎用I/Oを「LED／IN／OUT」として使う場合

・汎用I/Oを「ハードウェアフロー制御（RTS/CTS）」として使う場合

・汎用I/Oを「モデム制御信号（CD/DTR）」として使う場合

(2)JP4設定ピンの配置について

評価基板にはPLD（Logicプログラム可能なIC）が載っており、LED点灯回路等に使用しています。
例えばシリアルでデータ通信があった場合、評価ボードのLEDが大きく点滅しますがこれはPLDが行っています。
つまり評価ボード用としては意味がありますが、お客様の回路ではPLDは不要です。

評価ボード回路図は www.lantronix.com  のsupportにある英語FAQのID849にあります。