一概には言えませんが、下記のような使い分けが考えられます。

LD ：接点、コイルだけで制御する場合
FBD：ファンクションブロック(複数の戻り値を持つ関数)を利用したい場合
 LD言語とあわせて、応用命令を使う場合
IL ：高速かつ小さなサイズのプログラムを作る場合
ST ：C言語になれている場合
 条件判断文が多数現れる場合
 タイマー変数のスタート・ストップを行う場合
 繰り返し命令を使う場合